摘要：
本文目录一览：1、什么是开放阅读框？生物信息学概念... 本文目录一览：
- 1、什么是开放阅读框？生物信息学概念
- 2、什么是开放阅读框
- 3、开放阅读框（open reading frames, ORFs）是什么？
- 4、开放阅读框跟结构基因到底有什么不同
- 5、什么是开放式读码框
什么是开放阅读框？生物信息学概念
开放阅读框是基因序列中的一段无终止序列打断的碱基序列，可编码相应的蛋白。就是从起始密码子到终止密码子之间的序列，连续翻译一段多肽链。
生物信息学概念的话就是以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。研究重点主要体现在基因组学和蛋白质组学两方面，因为要分析生物基因和蛋白数据量很大，加上现在所说的大数据时代，突出了生物信息学的作用。
什么是开放阅读框
开放阅读框 是结构基因什么是开放阅读框的正常核苷酸序列，从起始密码子到终止密码子什么是开放阅读框的阅读框可编码完整什么是开放阅读框的多肽链，其间不存在使翻译中断的终止密码子。
开放阅读框（open reading frames, ORFs）是什么？
ORF是分子生物学和生物信息学中的一个基础概念。ORFs的检测是在基因组序列中发现特定蛋白质编码基因的重要一步。orf中的o，或者说open，是指完整基因中用于蛋白质翻译的“开放”区域；而rf，也即reading frame，是指双链基因序列翻译至氨基酸时的6种可能性之一。
定义1 ：一个ORF是指一段能够被3整除的序列，并且包含起始密码子和1个终止密码子（start/stop）。
定义2 ：一个ORF是指一段能够被3整除的序列，以终止密码子为头尾（stop/stop）。
定义3 ：一个ORF是指一段被受体和供体的剪切位点所分隔的序列。
至于为何要选择定义2作为生信领域的最佳选择，请移步文末所列的参考文献[1]，有详细的解释。
orf与基因的关系
orf是完整基因序列的一部分，一个完整基因包括orf序列以及非编码序列。orf可作为一个潜在蛋白质编码基因的指示器，但是预测的orf并不一定是基因。例如，一个典型的细菌基因组中已注释基因的数目远低于ORFs数目，前者约10 3 至10 4 ，而后者可达到10 4 至10 5 [2]。很好理解，毕竟ORFs的数目只是统计的潜在的编码基因数目，stop codon与stop codon所包含的区域并不一定能对应已知基因，因此ORFs相较于已知注释基因会更多。
参考文献
[1] Sieber, P., Platzer, M., Schuster, S. 2018. The Definition of Open Reading Frame Revisited. Trends in Genetics, 34(3), 167-170.
[2] Mir, K., Neuhaus, K., Scherer, S., Bossert, M., Schober, S. 2012. Predicting Statistical Properties of Open Reading Frames in Bacterial Genomes. Plos One, 7(9)
开放阅读框跟结构基因到底有什么不同
开放阅读框跟结构基因到底有什么不同
开放阅读框(Open Reading Frame, ORF)是基因序列中的一段无终止序列打断的碱基序列，可编码相应的蛋白。当一个新基因被识别，其DNA序列被解读，人们仍旧无法搞清相应的蛋白序列是什么。这是因为在没有其它信息的前提下，DNA序列可能按六种框架阅读和翻译（每条链三种，对应三种不同的起始位点）。ORF识别包括检测这六个阅读框架并决定哪一个包含以启动子和终止子为界限的DNA序列而其内部不包含启动子或终止子，符合这些条件的序列有可能对应一个真正的单一的基因产物。ORF的识别是证明一个新的DNA序列为特定的蛋白质编码基因的部分或全部的先决条件。
ORF
开放阅读框[open reading frame，ORF] 是结构基因的正常核苷酸序列，从起始密码子到终止密码子的阅读框可编码完整的多肽链，其间不存在使翻译中断的终止密码子。
什么是开放式读码框
开放式读码框：某些人认为这是分子病理学领域中最孤独的首位字母缩写名词。开放阅读框是DNA上的一段碱基序列，由于拥有特殊的起始密码子和直到可以从该段碱基序列产生合适大小蛋白才出现的终止密码子，该段碱基序列编码一个蛋白。在构成基因的核苷酸序列中存在一些最终翻译成蛋白的碱基段。每三个连续碱基，名为三联“密码子”——编码相应的氨基酸（氨基酸是构成蛋白的基本单位）。有三个“密码子”提供终止信号，也就是说，当从DNA和RNA合成蛋白链并使其不断延伸的细胞机器遇到代表终止的“密码子”时，蛋白的延伸反应终止，一个成熟（或提前终止的突变蛋白）产生。
